La Reserva Natural Sanguaré se encuentra en el extremo norte de la llanura aluvial de Morrosquillo, en donde la presencia del agua se manifiesta de acuerdo a los regímenes de lluvia, por lo que puede haber largos periodos de escasez o de inundaciones. En esta zona de la llanura aluvial de Morrosquillo existen acuíferos superficiales de aguas que se infiltran desde la superficie como producto de las lluvias, cursos de agua y embalses naturales o artificiales. Estos acuíferos son de vital importancia en esta región semiárida donde las aguas superficiales son tan escasas.

En la costa, justo en frente del archipiélago de islas de San Bernardo, hacen presencia los ecosistemas de manglar, los cuales se alojan en una serie de lagunas costeras formadas por las depresiones de las costas. Allí, diversas formas de vida, desde las bacterias autótrofas bioluminiscentes, hasta mamíferos acuáticos, pasando por un amplio número de grupos taxonómicos como invertebrados representados en anélidos, moluscos, artrópodos y vertebrados como peces, anfibios, reptiles, gran variedad de aves y algunos mamíferos terrestres, pasan al menos algún ciclo de su vida en la zona del manglar.

La población más cercana a la Reserva es la presente en Rincón del Mar, ubicada a 11 kilómetros de distancia. Este poblado fue habitado originalmente por los indios Balsillas, resultado de la fusión de los Arawak con los Karib, colonizado luego por los Españoles y posteriormente por la cultura Palenque, quienes hoy predominan en la zona y basan su sustento en la pesca, la agricultura, la ganadería y el turismo en menor escala.